Klášter založil roku 1347 Karel IV. pro slovanské benediktiny, kteří provozovali staroslověnskou liturgii. Později byl monserratskými mnichy v 18. století barokizován a obohacen o dvojvěží. Celý kostel byl vybaven barokním mobiliářem a freskovou výzdobou. Když byli Beuronští vyhnáni z Německa, pozval je tehdejší kardinál Bedřich Jan Jakub Celestin Schwarzenberg spolu s císařem Františkem Josefem I. do Emauz.
Vše barokní beuronští mniši odstranili a naopak vše gotické zachovali. To jim mnoho meziválečných historiků nedokázalo odpustit. Navíc nebyla pořízena odpovídající dokumentace. Celý kostel byl do roku 1887 kompletně vymalován (malby byly provedeny do čerstvé omítky, později byly využity tempery), hlavně ornamenty, postavy světců, mariánský cyklus tvořený 17 obrazy na jižní stěně.
Mystické prostředí umocněné zlatem bylo zatemněno vitrážemi. 1. část výmalby, mimo jiné dnešní tzv. Císařské kaple, kde byl umístěn veliký provizorní obraz se scénou narození Páně, byla provedena roku 1880. Samotní mniši v Emauzích tak realizovali návrhy páterů Desideria Lenze, Gabriela Wügera (zvláště Wüger řídil samotnou realizaci) a Fridolina Steinera.
Při náletu 14. února 1945 byly Emauzy zasaženy, vyhořely a bomby zničily kromě věží mobiliář i freskovou výzdobu. V 60. letech 20. století bylo vztyčeno nové kontroverzní betonové dvojvěží architekta Černého. Mariánský cyklus z jižní stěny, na němž pracoval Lenz, se zachoval v kopiích. Válečnou i poválečnou dobu přežily pouze 4 výjevy. Po sametové revoluci se do Emauz navrátili benediktini a roku 1993 byla opravena Císařská kaple.